1954年（昭和29年）9月26日 - 洞爺丸台風により青函連絡船5隻（洞爺丸、北見丸、十勝丸、第十一青函丸、日高丸）が沈没し、1,430名が死亡（洞爺丸事故）。
1959年（昭和34年）9月26日 - 伊勢湾台風により11,027隻が遭難。
1974年（昭和49年）11月9日 - LPGタンカー「第十雄洋丸」とリベリア籍貨物船「パシフィック・アレス」が東京湾にて衝突、約20日間に亘り炎上。第十雄洋丸は火災、爆発を繰り返しながら漂流を始め二次災害の危険が増したため、海上自衛隊が魚雷を発射し沈没させた（第十雄洋丸事件）。
1983年（昭和58年）9月1日 - 大韓航空機撃墜事件発生。その後約2ヶ月に亘り大規模な海上捜索を実施。
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1990年（平成2年）8月20日 - 樺太に住む当時3歳の男児コンスタンチン・スコロプイシュヌイが全身に大やけどを負う。サハリン州知事からの救助要請を受けて千歳航空基地所属のYS-11A「おじろ」が、日本の航空機としては戦後初めて宗谷海峡を越えて、コンスタンチンをユジノサハリンスク・ホムトヴォ空港から丘珠空港まで緊急搬送。
1997年（平成9年）1月2日 - ロシア籍タンカー「ナホトカ」海難流出油災害発生。当該船は破断事故の末沈没し、C重油約6,140klが流出。（ナホトカ号重油流出事故）
1997年（平成9年）7月2日 - パナマ籍タンカー「ダイヤモンド・グレース」座礁油流出事故発生。東京湾において座礁した当該船より原油約1,550klが流出。
1999年（平成11年）10月22日 - 日本の会社が所有する大型貨物船「アランドラ・レインボー」が海賊に襲撃され行方不明となる事件が発生。船会社から通報を受けた海上保安庁は、鹿児島海上保安部所属の巡視船「はやと」とファルコン900航空機を派遣。フィリピン沖からマレーシア東岸にかけての南シナ海全域を捜索。